С середины 1980-х гг. прошлого века принимает активное участие в общественно-политической жизни — организация дискуссионного кружка в МГУ, затем клуба независимых марксистских исследований. Принимал участие в создании ФСОК (Федерация социалистических общественных клубов). В начале 1994 года А. В. Бузгалин стал инициатором создания новой общественной структуры, — движения «Учёные за демократию и социализм» — сконцентрировав усилия на организации в первую очередь научно-теоретической и пропагандистской работы. В 1990—1991 годах был членом ЦК КПСС. В 1991 г. А. В. Бузгалин принял участие в основании независимого левого журнала «Альтернативы».
Успешная активная деятельность движения «Учёные за демократию и социализм» и развитие сети активных читателей и распространителей журнала «Альтернативы» позволили к 2000 году провести учредительные мероприятия и зарегистрировать Всероссийское общественное движение «Альтернативы». В 2005 и 2006 гг. выступал одним из инициаторов и организаторов первого и второго Российских социальных форумов.
Представитель неомарксизма, известен своей концепцией «мутантного социализма» в СССР[1].